پایان نامه ارشد زیست شناسی : وضعيت تنوع ژنتیکی جدایه­ های ویروس ایکس سیب­ زمینی

متن کامل پایان نامه مقطع ارشد زیست شناسی

با عنوان : وضعيت تنوع ژنتیکی جدایه­ های ویروس ایکس سیب­ زمینی

در ادامه مطلب می توانید تکه هایی از ابتدای این پایان نامه را بخوانید

و در صورت نیاز به متن کامل آن می توانید از لینک پرداخت و دانلود آنی برای خرید این پایان نامه اقدام نمائید.

پایان نامه ارشد زیست شناسی

با عنوان:

وضعيت تنوع ژنتیکی جدایه­ های ویروس ایکس سیب­ زمینی از استان همدان

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده درج نمی شود

تکه هایی از متن به عنوان نمونه : (ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

عنوانصفحه
چکیده1
مقدمه2
فصل اول: مروری بر تحقیقات گذشته 
1- گیاهشناسی سیب زمینی4
1-1) برگ4
1-2) ساقه4
1-3) غده5
1-4) جوانه5
1-5) ریشه5
1-6) گل5
2- ارقام سیب زمینی5
2-1) رقم‌هاى خيلى ‌زودرس و زودرس5
2-2) رقم­‌هاى متوسط رس يا ميان‌رس6
2-3) رقم­‌هاى ديررس6
3- تاریخچه7
4- مواد موجود در سیب زمینی8
5- مراحل کشت سیب زمینی      8
5-1) آماده كردن زمين براي كاشت سيب­زميني8
5-2) آماده‌کردن غده­‌ها براى کاشت سيب­زمينی9
5-3) کاشتن غده­‌ها10
5-4) آبياري سيب زميني11
5-5) كوددهي سيب­زميني11
       5 -6) وجين كردن و خاك دادن سيب­زميني12
5-7) برداشت13
6- مراحل پس از برداشت و فرآوري سيب زمينی14
7- اهمیت اقتصادی سیب­زمینی15
8- ويروس­هاي بيماريزاي سيب­زميني17
9- ويروس ايكس سيب­زميني Potato virus X20
9-1) آرايه­بندي20
9-2) علائم21
9-3) دامنه ميزباني طبيعي ويروس ايكس سيب­زميني22
9-4) گونه های میزبانی بكار رفته جهت تشخيص PVX23
9-5) انتقال و انتشار ويروس23
9-6) پراکنش جغرافیایی24
9-7) خصوصیات ژنوم24
9-8) خصوصیات پيكره ويروس26
9-9) تکثیر ویروس ایکس سيب­زميني در گیاه27
9-10) تنوع ژنتيكي ويروس ايكس سيب­زميني28
10- روش­هاي رديابي ويروس ايكس سيب­زميني30
10-1) سرولوژی30
10-2) بررسي­هاي مولكولي واکنش زنجیره­ای پلی­مراز Polymerase Chain Reaction (PCR)32
11- مطالعات انجام شده در ایران37
12- هدف از اين تحقيق40
فصل دوم:مواد و رو ش­ها 
1- جمع آوری نمونه از مزارع سیب­زمینی42
2- آزمون الايزا Enzyme-Linked Immunosorbent Assay- ELISA))42
2-1) تهیه بافرها42
2-1-1) بافرفسفات پتاسیم(PH, 7.4), (phosphate buffered saline-PBS)43
2-1-2) بافر پوششی کربنات سدیم(PH, 9.6) , (Coating buffer)43
2-1-3) بافر شستشو (PH,7.4),(Washing buffer)43
2-1-4) بافر عصاره گیری (PH,7.4),(Extraction buffer)43
2-1-5) بافر ترکیب پادتن-آنزیم (PH,7.4),(Conjugate buffer)43
2-1-6) بافر زمینه (سوبسترا)(PH, 9.8),(Substrate buffer)44
3- بررسی­های گلخانه­ای45
4- بررسی انتقال46
4-1) بررسی انتقال با سس46
4-2) انتقال با تماس46
5- بررسي خصوصيات مولكولي46
5-1) استخراج آر.ان.اي (RNA Extraction)46
5-2) واکنش زنجیره­ای پلی­مراز به روش رونوشت برداري برگردان (RT-PCR)48
5-2-1) مرحله رونوشت برداری برگردان (Reverse transcriptase)48
5-2-2) مرحله واکنش زنجیره ای پي. سي. آر48
5-3) مشاهده محصول واكنش49
5-4) خالص سازی قطعات تکثیر شده49
5-4-1) جدا کردن قطعه ژل حاوی DNA تکثیر شده49
5-4-2) حل کردن قطعه ژل و آزاد شده قطعه DNA49
5-4-3)رسوب دادن DNA50
5-4-4)شستشوی رسوب با بافر شستشو50
5-4-5) حل شدن DNA در آب50
5-6) آنالیز تبارازیی51
6- خالص سازی ویروس PVX53
7- اسپکتروفتومتری و تعیین غلظت ویروس جدا شده در آموده های(پرپارسیون) خالص شده55
فصل سوم:نتیجه گیری 
1- بررسی علائم آلودگي­های موجود روی سیب زمینی56
1-1) علائم آلودگی روی سیب زمینی56
1-2) نشانه­های آلودگی روی گوجه فرنگی57
2- آزمون بیولوژیکی (واکنش گیاهان محک در مقابل عصاره حاوی ویروس ایکس)58
2-1) گل تکمه­ایی Gomphrena globosa L.58
2-2) داتوره Datura stramonium59
   
2-3) سلمکChenopodium amaranticolor59
2-4) توتون Nicotiana glutinosa L60
2-5) توتون Nicotiana tabacum. cv. White Burley60
2-6) توتون Nicotiana tabacum. cv. Samsun61
2-7) گوجه فرنگی Lycopersicum esculentum Mill61
2-8) لوبیا Phaseolus vulgaris L.cv. Bountiful61
2-9) باقلا. Vicia faba61
2-10) ماش. Vicia sativa L.62
2-11) دامنه میزبانی و علائم62
3- درجه حرارت غیر فعال شدن (TIP)63
4- آخرین حد رقت (DEP)63
5- پایداری ویروس در شرایط آزمایشگاه (LIV)63
6- مطالعه روش های انتقال63
6-1) انتقال با سس63
6-2) انتقال با تماس63
7- خالص سازی63
7-1) روشShepard, 197263
7-2) روشFribourg,197564
7-3) روشMoreira, 198065
8- تعیین پراکنش ویروس بر اساس آزمون الایزاELISA65
9- بررسي خصوصيات مولكولي72
9-1) نتايج حاصل از استخراج آر.ان.اي كل گياه (RNA Extraction)72
9-2) نتايج واکنش رونوشت برداري برگردان زنجیره­ای پلی­مراز
(RT-PCR)
73
10) آنالیز تبازایی74

 

فصل چهارم:بحث، نتیجه گیری و پیشنهادات76
فهرست منابع فارسی84
فهرست منابع انگلیسی85
چکیده انگلیسی96
فهرست جداول  
عنوانصفحه 
جدول1-1 اسامي ويروس هاي سيب زمينی 

18

 
جدول 1-2 مقايسه بين ELISA, PCR, IC-PCR, RT-PCR-ELISA35 
جدول1-3 توالي آغازگرهای استفاده شده براي سنتز cDNA جهت رديابي ويروس ايكس سيب­زميني37 
جدول2-1 منطقه و تعداد نمونه های جمع آوری شده از مزارع سیب زمینی در همدان42 
جدول2-2 گیاهان میزبانی که برای مایه زنی ویروس ایکس سیب زمینی استفاده شد45 
جدول2-3 آغازگرهای استفاده شده در آزمون RT-PCR49 
جدول2-4 ليست توالي‌هاي کامل پروتئین پوششی PVX موجود در بانك ژن كه براي مقايسه با جدايه‌هاي ايراني مورد استفاده قرار گرفته‌اند52 
جدول3-1درصد نمونه های علائم دار جمع آوری شده از مزارع همدان57 
جدول3-2 علائم ویروس ایکس بروی گیاهان محک62
جدول 3-3 درصد آلودگی به چهار ویروس PVX، PVY، PVS و PLRV در مناطق بهار، رزن و کبودرآهنگ65 
جدول3-4 درصد آلودگی همزمان در مزارع استان همدان66 
فهرست نمودارها 
عنوانصفحه
نمودار1-1 توزيع ميزان توليد سيب زميني در استانهاي كشور16
نمودار3-1(Shepard, 1972) Ultraviolet- absorption spectra PVX preparation64
نمودار3-2(Fribourg,1975)   Ultraviolet- absorption spectra PVX preparation64
نمودار3-3 Ultraviolet- absorption spectra PVX preparation(Moreira,1980)65
نمودار3-4 نمودار 3-4درصد آلودگی در مزارع سیب زمینی منطقه بهار68
نمودار3-5 درصد آلودگی در مزارع سیب زمینی در منطقه رزن69
نمودار3-6 درصد آلودگی مزارع سیب زمینی در منطقه کبودر آهنگ71
نمودار3-7 درصد آلودگی ویروس های سیب زمینی در مزارع سیب زمینی استان همدان72
  فهرست اشکال 
عنوانصفحه
شكل1-1 ویروس PVX همراه با ويروس TMV حالت هم افزایی داشته و علائم شديد Double streak را ایجاد می­کند21
شكل1-2 گياه سيب زميني آلوده به ويرو س ايكس سيب زميني با علائم موزاييك22
شکل1-3 مدل حرکت Potexivirus26
شكل1-4 مقایسه حساسیت روش های RT-PCR(A) و DAS-ELISA (B) برای ردیابی ویروس ایکس سیب زمینی34
شکل 3-1 علائم موزائیک و نکروز در بوته سیب زمینی آلوده به دو ویروس ایکس و وای سیب زمینی57
شکل 3-2 نمونه گوجه فرنگی مشکوک به علائم ویروسی58
شکل3-3 لکه های نکروز، 15 روز پس از مایه زنی عصاره حاویPVX روی گل تکمه ایی58
شکل3-4 لکه های سبز روشن پس از 10 روز مایه زنی عصاره حاویPVX روی داتوره59
شکل3-5 ظهور لکه های سبزرد( کلروتیک) (سمت راست) و سپس سیستمیک در گیاه سلمک (سمت چپ)59
شکل3-6 لکه­های سبزرد (کلروتیک) و موزاییک روی برگ N.glutinosa L مایه زنی شده توسط عصاره حاویPVX60
شکل3-7علائم پيسك (ماتل)و رگبرگ روشنی روی Nicotiana tabacum. cv.White Burley مایه زنی شده توسط جدايه PVX60
شکل3-8 علائم لكه هاي كلروز و نكروز سيستميك در گياه گوجه فرنگی 12 روز بعد از مایه زنی توسط PVX61
شکل3-9 علائم زردی و موزائیک روی برگ­های ماش مایه زنی شده توسط عصاره حاویPVX62
شکل3-10 عکس از باند حاصل شده ازRNA استخراج شده بروش Tri-Reagent73
شكل 3-11 الكتروفورز محصولات PCR مربوط به تكثير پروتئین پوششی با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي، در ژل آگاروز يك درصد74
شکل 3-12 درخت تبارزايي جدايه‌هاي ايراني PVX با ساير جدايه‌ها كه با روش NJ و 100 مرتبه bootstrap بدست آمده است.75

 چکیده:

ویروس ایکس سیب­زمینی (Potato virus X- PVX) گونه شاخص جنس Potexvirus از خانواده Alfaflexiviridae می­باشد. طی سال های 1389 و 1390، از مناطق کشت اصلی سیب زمینی در استان همدان بازدید و نمونه برداری انجام گرفت. مجموعاً 456 نمونه برگی (تعداد 132 و 324 نمونه بترتیب علائم­دار و تصادفی) از 9 مزرعه واقع در مناطق بهار، کبودرآهنگ و رزن جمع آوری گردید. نتایج آزمون الایزا با استفاده از آنتی بادی اختصاصی (بیوربا-سویس) نشان دهنده آلودگی 42 نمونه با ویروس ایکس سیب زمینی بود. بر اساس آزمون الایزا میزان وقوع آلودگی به این ویروس به ترتیب کاهش در مناطق بهار، رزن و کبودرآهنگ تعیین گردید. برای تایید نتایج حاصل از آزمون سرولوژیکی از روش های بیولوژیکی و مولکولی استفاده شد. مطالعه دامنه میزبانی جدایه های ایرانی ویروس ایکس سیب زمینی با استفاده از گیاهان محک مختلف، تفاوتی نشان داد. همچنین در این تحقیق ناحیه ژن پروتئین پوششی ویروس بطول حدود 750 جفت باز با استفاده از آغازگر های اختصاصی تکثیر گردید. آنالیز تبارزایی با استفاده از توالی کامل پروتئین پوششی دو جدایه ویروس شامل Iran H1 و Iran H2 با توالي‌های مربوط به جدايه های خارجی PVX موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های ایرانی در گروه اروپا-آسیا (Eurasia) قرار می گیرند. در درخت تبارزایی جدایه های تعیین توالی شده در این بررسی با جدایه ویروس ایکس جدا شده از نخود (Pisum sativum) در یک شاخه مستقل و نزدیک بهم قرار گرفتند. طول کامل توالی پروتئین پوششی 714 نوکلئوتید بود که پروتئینی با 237 اسیدآمینه تولید می نماید. این نتایج با نتایج بدست آمده در مورد سایر جدایه های این ویروس از مناطق دیگر دنیا مطابقت دارد. هر چند که جدایه های ایرانی مورد مطالعه در گروه اروپا-آسیا قرار می گیرند ولی هنوز مشخص نیست که آنها جدایه های غالب این ویروس در ایران باشند. برای این منظور لازم است تا جدایه های بیشتری از این ویروس از مناطق خاورمیانه و سایر کشورها تعیین توالی شوند. هر چند بر اساس مطالعات ما این اولین گزارش از آنالیز تبارزایی این ویروس جدا شده از سیب زمینی از ایران واقع در منطقه mid-Eurasia می باشد.

كلمات كليدي: ويروس ايكس سيب زميني، تبارزایی، ایران

مقدمه:

در بين گياهان دو لپه، سيب­زميني مهمترين محصول زراعي است که، پس از گندم، برنج و ذرت در رتبه چهارم جهانی قرار دارد (FAO, 2009). تولید سیب­زمینی در جهان طبق گزارشات سازمان خواروبار و کشاورزی ملل متحد (فائو) در سال 2009، معادل 314 میلیون تن بوده است (FAO, 2009).

طبق گزارشات فائو چین بالاترین رکورد تولید سیب­زمینی را در سال 2009 در جهان داشته است و بعد از آن به ترتیب روسیه و هند در مقام­های دوم و سوم و آمریکا در مقام چهارم قرار گرفته اند و ایران از نظر تولید سیب زمینی در مقام چهاردهم جهان و دوم خاورمیانه قرار می گیرد (FAO, 2009). تولید سیب زمینی در کشور ما از اهمیت خاصی برخوردار است و فائو تولید سیب زمینی ایران را در سال 2009 میلادی چهار میلیون و 107 هزار و 626 تن اعلام کرده است. استان همدان با 63/16در­صد اراضی تحت کشت سیب­زمینی کشور، در مقام نخست قرار دارد. میزان تولید سیب زمینی در این استان حدود نیم میلیون تن برآورد شده است (آمارنامه جهاد کشاورزی، 1388).

بر اساس اعلام فائو سطح زیر کشت سیب­زمینی در ایران در سال 2009 میلادی نسبت به سال 2008 با کاهش 2/13 درصدی به 153 هزار و 995 هکتار رسید (FAO ,2009).

بیماری­های ویروسی نقش مهمی در کاهش عملکرد سیب­زمینی دارند. در این بین ویروس ایکس سیب­زمینی (Potato virus X– PVX) موجب کاهش محصول سیب­زمینی از 10 تا 20 درصد میگردد، این موضوع نشان دهنده گسترش بیماریهای ویروسی در مزارع سیب­زمینی کشور و لزوم تدوین برنامه­هایی برای مدیریت آنها می­باشد. اولین گام در تدوین چنین برنامه­هایی، داشتن اطلاعات کافی از وضعیت (فراوانی و پراکنش) آلودگی ویروسی و شناخت خصوصیات جدایه­های غالب ویروسی در هر منطقه می­باشد. با توجه به اهمیت زراعت سیب­زمینی در استان همدان و از طرفی با در نظر گرفت این نکته که در مورد وضعیت بیماری ویروسی PVX از نظر فراوانی و پراکنش آن در مزارع سیب­زمینی این استان و نیز خصوصیات این جدایه­ها، اطلاعات دقیقی در دسترس نمی­باشد، لذا تحقیق در این مورد به عنوان پایان نامه کارشناسی ارشد اینجانب در نظر گرفته شد تا در قالب یک پژوهش مدون فراوانی و پراکنش ویروس PVX در مزارع سیب­زمینی استان همدان و نیز خصوصیات آنها مطالعه شود. این اطلاعات در تدوین برنامه­های مدیریت این بیماری از پیش­نیازهای اصلی محسوب می­گردد.

تعداد صفحه :110

قیمت : 14700 تومان

***

—-

:        ****       info@elmyar.net

جستجو در سایت : کلمه کلیدی خود را وارد نمایید :

 
 

مطالب مشابه را هم ببینید

 

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید