پایان نامه کارشناسی ارشد شیمی آلی : محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهاي ضد سرطان كمپلكس هاي پلاتين و پالادیم

دانلود متن کامل پایان نامه مقطع ارشد شیمی

گرایش آلی

با عنوان :  محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهاي ضد سرطان كمپلكس هاي پلاتين و پالادیم

دانشگاه آزاد اسلامی

واحد رشت

دانشکده علوم پایه

گروه آموزشی شیمی

پایان نامه تحصیلی جهت اخذ درجه کارشناسی ارشد                                                                        

رشته شیمی   گرایش آلی

عنوان:

محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهاي ضد سرطان كمپلكس هاي پلاتين و پالادیم

استاد راهنما:

دکتر ربابه صیادی کردآبادی

 استاد مشاور:

دکتر حسین فلاح باقر شیدایی

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده

محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهاي ضد سرطان كمپلكس هاي پلاتين و پالادیم

فرشته موسی پور

کمپلکس های ضد سرطان پلاتین و پالادیم با لیگاندهای نیتروژن دهنده ابتدا با روش B3LYP/LANL2DZ بهینه شدند. در ترکیبات دارویی پلاتین با استفاده از نرم افزار Dragon و محاسبات Spss و روش MLR و Unscrambler بهترین و مؤثرترین داروی ضد سرطان پلاتین با مناسب ترین توصیف کننده ها پیشنهاد شد.در ترکیبات ضد سرطان پالادیم واکنش فلز پالادیم با اتم N7 گوانین و آدنین با روش B3LYP/LANL2DZ بهینه شد و با توجه به محاسبات ،اتصال پالادیم به N7 گوانین مناسب تر است که در این با نتایج تجربی سازگار است. ]81 و82[

کلید واژگان: پالادیم – پلاتین- ضد سرطان- آدنین-گوانین

فهرست مطالب

عنوان                                                                                 صفحه

چکیده فارسی…………………………………………………………………………………………………….. ج

چکیده انگلیسی…………………………………………………………………………………………………… b

فصل اول ـ QSAR و کمپلکس های ضدسرطان پلاتین و پالادیم

1-1-مقدمه………………………………………………………………………………………………………… 2

1-2- وابستگي كمي ساختار ـ فعاليت(QSAR)…………………………………………………………. 2

1-3- توسعه تاريخي  QSAR………………………………………………………………………………. 4

1-4- مراحل انجام QSAR………………………………………………………………………………….. 8

1-5- انتخاب سري مولكولي ………………………………………………………………………………… 9

1-6- رگرسیون خطی چندگانه……………………………………………………………………………….. 9

1-7 Gaussian…………………………………………………………………………………………………. 11

1-8- انواع ورودي Gaussian……………………………………………………………………………… 11

1-9- شيمي هاي مدل………………………………………………………………………………………….. 13

1-10- روش ها ………………………………………………………………………………………………… 13

1-11- مجموعه هاي پايه …………………………………………………………………………………….. 13

1-12- توابع BLYP و  B3LYP………………………………………………………………………….. 15

1-13- سرطان …………………………………………………………………………………………………… 15

1-14- نقش كمپلكس هاي پلاتين در درمان سرطان …………………………………………………… 16

1-15- پيشينه تحقيق در مورد انواع كمپلكس هاي پلاتين …………………………………………….. 19

1-16- نقش کمپلکس های پالادیم در درمان سرطان …………………………………………………… 20

1-17- پیشینه تحقیق در مورد کمپلکس های پالادیم……………………………………………………. 21

                                           

                                               فصل دوم: روش محاسبات

2-1- استفاده از نرم افزار Chem Draw…………………………………………………………………… 24

22- استفاده از نرم افزار Hyper Chem و Chem 3D و G98……………………………………… 24

2-3- استفاده از نرم افزار Dragon…………………………………………………………………………. 24

2-4 استفاده از نرم افزار Spss و Unscrambler……………………………………………………….. 25

فصل سوم: نتایج

3-1- ساختارهای بهینه شده کمپلکس های ضدسرطان پلاتین ……………………………………….. 27

3-2- محاسبات Spss در کمپلکس های بهینه شده پلاتین …………………………………………….. 34

3-3- محاسبات Unscrambler کمپلکس های بهینه شده پلاتین………………………………………. 36

3-4- ساختارهای کمپلکس های پالادیم بهینه شده با گوانین و آدنين ………………………………. 38

فصل چهارم: بحث و نتیجه گیری

4-1- نتایج حاصل از کمپلکس های پلاتین ………………………………………………………………. 51

4-2- پیشنهادات برای کار با پلاتین ………………………………………………………………………… 51

4-3- نتایج حاصل از کمپلکس های پالاديم ……………………………………………………………… 51

4-4- پیشنهادات برای کار با پالادیم ……………………………………………………………………….. 52

فصل پنجم: منابع…………………………………………………………………………………………………………………………..53

مقاله های ارائه شده…………………………………………………………………………………………………………………………61

– مقدمه

براي درك مكانيسم فرآيندهاي مختلف شيميايي، كشف و توسعه مواد جديد، حفظ محيط زيست و زمينه هاي ديگر شيمي، هنوز توانايي حل مسائل به طور كامل وجود ندارد و براي حل اين مشكل، روش هاي محاسباتي كمومتريكس مي توانند مفيد باشند. به تجزيه و تحليل آماري و رياضي داده هاي شيميايي معمولاً تحت عنوان كمومتريكس[1] ياد مي شود. به عبارتي ديگر كمومتريكس يك روش كارآمد براي خلاصه كردن اطلاعات مفيد از يك سري داده مشخص و پيش بيني داده های دیگر است. در حقيقت هدف كمومتريكس، بهبود بخشيدن فرآيندهاي اندازه گيري و استخراج اطلاعات شيميايي مفيدتر از داده هاي اندازه گيري شده فيزيكي و شيميايي است.

1-2- وابستگي كمي ساختار ـ فعاليت[2] (QSAR)

يكي از زمينه هاي مهم كاربرد كمومتريكس در مطالعاتي است كه خواص مولكول ها را به ويژگي هاي ساختاري آنها نسبت مي دهد. از نظر شيمي دانان فعاليت و خواص يك تركيب ناشي از ويژگي هاي ساختاري آن است. اين نوع از مطالعات به بررسي كمي ارتباط ساختار با فعاليت (QSAR)، هدف از مطالعات (QSAR) پيدا كردن رابطه اي بين رفتار فيزيكی و شيميايي يك مولكول با پارامترهاي ساختاري آن است. نتايج اين مطالعات علاوه بر شفاف سازي نحوه ارتباط بين خواص مولكول ها و ويژگي هاي ساختاري آنها به پژوهشگران در پيش بيني رفتار مولكول هاي جديد براساس رفتار مولكول هاي مشابه كمك مي كند.

ارتباط كمي ساختار ـ فعاليت به نحوه ارتباط بين فعاليت بيولوژيكي و ساختار شيميايي تركيبات مي پردازد. هدف QSAR، ايجاد رابطه اي منطقي بين كميت ها و يا خواص تركيبات (فعاليت) و ساختار شيميايي آنها است و اين قاعده براي مولكول هاي جديد مورد استفاده قرار مي گيرد.از QSAR مي توان برای توصیف خواص فيزيكي مانند حلاليت، هيدروفوبيسيته، دمای جوش، تحرك يوني، فعاليت بيولوژيك براي سميت ژني، مواد سرطان زا و غيره استفاده کرد و همچنين خواص بيولوژيكي مانند IC50، و خواص فضايي، هيدرفوبيسيته، و الكتروني را پيش بيني كرد. از كاربردهاي ديگر QSAR مي توان به محاسبه زمان بازداري تركيبات، گرانروي، ثابت هاي بازي و اسيدي تركيبات اشاره كرد [1-17].

فرمول بندي هزاران معادله با استفاده از روش QSAR گواه اعتبار مفاهيم و كاربرد آن در توضيح مكانيسم عملكرد داروها در سطح مولكولي و درك كامل تري از پديده هاي فيزيكي مانند آبگريزي است [18]. در حال حاضر اين امكان وجود دارد كه علاوه بر توسعه مدلی براي يك سيستم، به مقايسه مدل ها از پايگاه داده هاي بيولوژيكي و به رسم شباهت ها با الگوهایی از پايگاه داده هاي آلي فيزيكي دست يافت [19]. اين فرآيند، مدل استخراج[3] ناميده شده كه يك رويكرد پيچيده براي مطالعه فعل و انفعالات شيميايي و بيولوژيكي فراهم مي كند.

1-3-توسعه تاريخي QSAR

QSAR براي اولين بار در قرن نوزدهم مورد استفاده قرار گرفت. در سال 1863 كروس[4] از دانشگاه استراسبرگ دريافت كه سميت الكل ها در پستانداران با كاهش حلاليت آنها افزايش پيدا مي كند [20]. در سال 1865 براون[5] و فريزر به ارتباط بين فعاليت هاي فيزيولوژيكي و ساختار شيميايي پي بردند [21] و اعلام كردند كه عمل فيزيولوژيك ماده، تابع تركيب شيميايي و ساختار آن است [22]. چند دهه بعد، در سال 1893، ريچت[6] نشان داد كه سميت مجموعه ي متنوع از مولكول هاي آلي ساده به طور معكوس به حلاليت آن با آب وابسته است [23]. در سال 1899، هانس هرست ميير[7] از دانشگاه مربورگ و در سال 1897، چارلز ارنست اورتن[8] از دانشگاه زوريخ دريافتند كه سميّت تركيبات آلي به چربي دوستي آنها بستگي دارد [20 و 24].

لوئيس هامت[9] دريافت كه بين خواص الكترونيكي اسيدها و بازهاي آلي و ثابت تعادل و واكنش پذيري آنها ارتباطي منطقي وجود دارد كه اين امر باعث توسعه اين روش شد. رابرت موير[10]، گياه شناس، از دانشگاه پومونا، دريافت كه دو اسيد با فعاليت بيولوژيكي مشابه هر دو تنظيم كننده رشد گياه هستند، طرح اين موضوع با شيميداني به نام كروين هانش[11] باعث شد تا با درک اهميت چربي دوستي این کمیت با تقسيم دارو بين اكتانول و آب تعيين شود [25-27].

در سال 1939 فرگوسن[12] تعميم ترموديناميكي نسبت به رابطه عمل افسردگي با اشباع نسبي از تركيبات فرار در حاملي كه در آن اجرا مي شد را معرفي كرد [28]. كار گسترده اي از آلبرت2، و بل3 و رابلين4 بر روي اهميت يونيزاسيون بازها و اسيدهاي ضعيف در فعاليت باكتريوستاتيك انجام گرديد [29-31]. در عين حال در عرصه شیمی فيزيك آلي، گام هاي بلندي برای اثرات جايگزيني در واكنش هاي آلي برداشته شد، كه به الهام از كار اوليه هامت بود[32 و 33]. تفت5 راهي را براي تفکیک اثرات قطبي، فضايي و اثرات رزونانس ارایه كرد و اولين پارامتر فضايي، Es را معرفي نمود [34]. مشاركت هامت و تفت ، مبناي مكانيكي براي توسعه الگوهاي QSAR توسط هانش و فوجيتا6 را پي ريزي كرد. در سال 1962 هانش و مويير نتایج جالب وابستگي ساختار فعاليت تنظيم كننده هاي رشد گياه به ثابت هامت و آبگريزي را منتشر كردند [35]. با استفاده از سيستم آب / اكتانول، يك سري كامل از ضرايب تقسيم اندازه گيري شد و در نتيجه يك مقياس جديد هيدروفوبيك معرفي شد. پارامتر ، كه آبگريزي نسبي جايگزينی هست، در يك روش مشابه نسبت به سيگما، تعريف شد [36].

تعداد صفحه :71

قیمت : 14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

:        ****       baharfile@zoho.com

جستجو در سایت : کلمه کلیدی خود را وارد نمایید :

 

برای جستجو بر اساس موضوع های پایان نامه ها اینجا کلیک کنید

مطالب مشابه را هم ببینید

 

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید